Studio del metatrascrittoma batterico di uno yogurt probiotico mediante approccio RNA-Seq
di Jordan E. Bisanz et al. Lawson Health Research Institute e University of Western Ontario, London, ON, Canada (pp. 284-292)
Per la prima volta è stata condotta l’analisi del metatrascrittoma di yogurt contenenti probiotici usando un approccio di sequenziamento dell’RNA (RNA-Seq). Il mRNA di tre campioni di yogurt, rappresentativi di due diversi gusti e a due diversi tempi di conservazione, sono stati estratti e sequenziati mediante piattaforma automatica di sequenziamento. Per aiutare a comprendere le basi molecolari della sopravvivenza di questi organismi in latte fermentato, i ricercatori hanno effettuato l’annotazione e l’analisi dei geni altamente espressi. Tra questi, quelli che presentavano il massimo livello di espressione in tutti i campioni appartenevano alle seguenti categorie: traduzione delle proteine, trasporto e metabolismo dei carboidrati, trasporto e metabolismo degli aminoacidi. L’abbondanza differenziale di mRNA è stata messa a confronto per i diversi gusti e tempi di conservazione. In tutti gli organismi, i geni del metabolismo proteico e più specificamente quello delle componenti delle proteine ribosomali, erano i più rappresentati nei trascritti mRNA differenzialmente espressi quando si confrontavano diversi gusti e tempi di conservazione. Ulteriori analisi hanno mostrato anche che il ceppo probiotico era in grado di adattarsi al proprio ambiente.
Bibliografia
International Dairy Journal, dicembre 2014, 39(2). doi:10.1016/j.idairyj.2014.07.010
