Discriminare i ceppi Bifidobacterium animalis ssp. lactis

Saggio rapido di tipizzazione SNP per differenziare i ceppi Bifidobacterium animalis ssp. lactis usati nei prodotti dairy fortificati con probiotici

di Sara Lomonaco et al. Dip. di Scienze Veterinarie, Università di Torino (pp. 804-812)

Quando si aggiunge un microrganismo probiotico a un alimento, è molto importante poterne eseguire l’identificazione a livello di genere, specie e ceppo. I ceppi di Bifidobacterium animalis ssp. lactis (BAL) sono impiegati comunemente in prodotti dairy fortificati con probiotici. Tuttavia, distinguere tra loro i ceppi è difficile dato l’alto livello di identità genomica (99,975%) tra i differenti genomi di questa sottospecie. La tipizzazione di specie monomorfiche può essere condotta in modo efficace prendendo come target singoli polimorfismi nucleotidici (SNP) informativi. Uno studio precedente che ha analizzato ceppi BAL sia di riferimento sia commerciali ha identificato degli SNP che potrebbero essere usati per distinguere i ceppi comuni in 8 gruppi. Questo articolo descrive lo sviluppo di un saggio di minisequenziamento basato su una reazione di primer extension (PER) avente come target SNP multipli che possono permettere la discriminazione dei ceppi di BAL. In base ai dati precedenti, sono stati scelti 6 SNP informativi ed è stata ottimizzata una PCR multiplex per amplificare le regioni di DNA che contenevano gli SNP prescelti. Sono stati sviluppati extension primers (EP) per l’annealing immediatamente adiacente ai SNP selezionati e sono stati testati in PER simplex e multiplex per valutarne le performance. Sono stati scelti 25 ceppi appartenenti a 9 diversi cluster genomici di B. animalis ssp. lactis e sono stati analizzati con il saggio di minisequencing sviluppato, con targeting contemporaneo a 6 SNP. È stata poi condotta in duplicato l’analisi dei frammenti, da cui è risultato che il saggio produceva 8 profili specifici che permettevano di distinguere i ceppi commerciali più comuni. Questo nuovo approccio di multiplex PER fornisce un metodo di subtipizzazione basato sugli SNP che è risultato semplice, rapido, flessibile per la caratterizzazione e l’identificazione di ceppi probiotici commerciali di BAL da prodotti dairy fermentati. Per verificare l’utilità di questo metodo, è stato estratto DNA da yogurt prodotto con e senza l’aggiunta di B. animalis ssp. lactis BB-12. Il DNA estratto è stato sottoposto al protocollo di minisequencing e ha dato come risultato un profilo SNP che si sovrapponeva a quello del ceppo BB-12.
Bibliografia
Journal of Dairy Science. Febbraio 2015: 98 (2)

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