Studio della diversità microbica nel latte crudo

Analisi comparativa della composizione della comunità batterica in latte crudo di massa mediante metodi coltura-dipendenti e coltura-indipendenti usando il colorante vitale propidio monoazide

di Mareike Weber et al. Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Institut für Ernährungs- und Lebensmittelwissenschaften, Bonn, Germania (pp. 6761-6776)

È stata analizzata la diversità microbica di 3 campioni di latte crudo di massa dopo 72 ore di conservazione a 4°C mediante metodi coltura-dipendenti e coltura-indipendenti. L’approccio coltura-dipendente era basato sull’isolamento dei batteri su terreni complessi e selettivi, sul differenziamento chemotassonomico degli isolati e sulla successiva identificazione mediante sequenziamento del gene 16S rRNA. L’approccio coltura-indipendente prevedeva il trattamento del latte crudo con propidio monoazide prima dell’estrazione diretta del DNA con approcci di lisi cellulare meccanici ed enzimatici, e il clonaggio e sequenziamento dei geni 16S rRNA. La ricerca selettiva dei batteri vitali ha migliorato la confrontabilità tra composizione batterica del latte crudo basata sui metodi coltura-dipendenti e coltura-indipendenti, che era l’obiettivo primario dello studio qui riportato. Diverse specie batteriche dei phyla Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes e Proteobacteria sono state rivelate con un metodo coltura-dipendente, mentre per lo più i batteri del phylum Proteobacteria, come anche alcuni dei phyla Bacteroidetes e Actinobacteria, sono stati rilevati con il metodo coltura-indipendente. Ciò ha portato i ricercatori a concludere che il phylum Firmicutes era estremamente discriminato dall’approccio coltura-indipendente. In generale, per tutti i campioni, la ricchezza di specie rivelata col metodo coltura-dipendente era maggiore di quella rivelata con il metodo coltura-indipendente. Tuttavia, si potevano rivelare solo pochi taxa con il metodo diretto basato sul DNA. In conclusione, l’associazione di metodi coltura-dipendenti e coltura-indipendenti portava a rivelare la massima diversità batterica per tutti i campioni di latte crudo analizzati. È stato dimostrato che l’estrazione del DNA da latte crudo, come passaggio chiave dei metodi coltura-indipendenti, causa la discriminazione di taxa dovuta a incompleta lisi cellulare.

Il trattamento del latte crudo con il colorante propidio monoazide è stato ottimizzato per l’applicazione al latte crudo senza precedente eliminazione di componenti del latte e ha dimostrato di essere adatto a garantire la confrontabilità della diversità batterica rivelata con entrambi i metodi.
Bibliografia
Journal of Dairy Science, novembre 2014: 97(11). Doi: http://dx.doi.org/10.3168/jds.2014-8340

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